Przeciwko projektowi przekopu Mierzei Wiślanej od lat protestują organizacje ekologiczne. Jak mówią przedstawiciele WWF Polska, ryzyko pogorszenia stanu środowiska naturalnego jest wysokie, a korzyści ekonomiczne niepewne. Jak wynika z przygotowanych przez rząd prognoz, większość obrotu międzynarodowego portu w Elblągu wciąż pochodzić będzie z transportu towarów w kierunku Obwodu Kaliningradzkiego. Budowa kanału żeglugowego byłaby również niezgodna z europejskim programem ochrony przyrody Natura 2000. Mieszkańcy Krynicy Morskiej i pozostałych okolicznych miast obawiają się z kolei zanieczyszczenia wody w Zatoce Gdańskiej i Zalewie Wiślanym oraz spadku wpływów z turystyki, która jest głównym źródłem dochodów w regionie.