Miejscowość jest położona w województwie warmińsko-mazurskim, nad jeziorami: Tałty i Mikołajskim. Mikołajki leżą w sercu Krainy Wielkich Jezior, a znaczna część miasta znajduje się w obrębie Mazurskiego Parku Krajobrazowego, są to zatem tereny bardzo atrakcyjne przyrodniczo. W promieniu kilku kilometrów od Mikołajek jest położonych wiele miejsc unikalnych pod względem flory i fauny. W gminie Mikołajki znajduje się rezerwat ornitologiczny Jezioro Łuknajno, który jest chroniony w ramach konwencji ramsarskiej. Ze względu na swoje położenie miejscowość ściąga miłośników żeglarstwa i sportów wodnych z całego kraju. W Mikołajkach znajduje się przystań Żeglugi Mazurskiej.
Do najważniejszych atrakcji turystycznych Mikołajek należy klasycystyczny kościół ewangelicko-augsburski pw. Świętej Trójcy z 1842 roku. Inne zabytki to: kaplica cmentarna z początku XX wieku, neogotycki kościół katolicki Matki Boskiej Różańcowej z 1910 roku, zabudowa mieszkalna przy ulicach: Kajki, Kolejowej, Mrągowskiej, Okrężnej, Placu Wolności, Kowalskiej, Placu Kościelnym oraz Muzeum Reformacji.